• À partir de 1540, le calvinisme s'implante massivement dans le sud-ouest de la France et dans certaines villes, comme La Rochelle, Orléans, Metz ou Nîmes. De grands seigneurs se convertissent : Antoine de Bourbon, Louis de Condé, l'amiral de Coligny. En 1559, les calvinistes sont assez puissants pour organiser un synode général des Églises réformées de France.

• Ce synode est perçu comme une insulte au pouvoir royal. Le roi de France, chef politique du royaume, est aussi chef de l'Église de France : il ne peut accepter le développement d'une religion dissidente qui risquerait de diviser ses sujets et d'affaiblir son pouvoir.

• Henri II profite de la paix revenue après la signature du traité du Cateau-Cambrésis avec l'Espagne (3 avril 1559) pour ordonner la répression du protestantisme, considéré comme une hérésie : c'est la déclaration d'Écouen, le 2 juin 1559.

• Mais le roi, blessé lors d'un tournoi, meurt en juillet. Son fils et successeur, François II (règne de 1559 à 1560) n'a que quinze ans et délègue le pouvoir à ses oncles, les Guises (François et son frère le cardinal de Lorraine). Ces derniers appliquent sévèrement les édits contre les protestants : un magistrat parlementaire pourtant modéré, Anne Du Bourg, est brûlé comme hérétique en décembre. Partout, des tribunaux spéciaux (les chambres ardentes) multiplient les condamnations.

• En 1560, les protestants décident d'enlever François II afin de le soustraire à l'influence des Guises. Ils organisent la conjuration d'Amboise qui échoue. Les Guises ripostent en faisant condamner à mort leur principal rival, Louis de Condé, qui ne doit sa vie qu'à la mort du roi, en décembre.

• Le nouveau souverain, Charles IX (le frère de François II), a onze ans : la régence est confiée à sa mère, Catherine de Médicis. Celle-ci essaie de calmer les esprits et soutient la politique de conciliation de son chancelier Michel de L'Hospital. Celui-ci organise le colloque de Poissy en septembre 1561 : théologiens catholiques et protestants s'y rencontrent, sans parvenir à s'entendre. Le 1^er mars 1562, des hommes du duc de Guise massacrent des calvinistes à Vassy (en Champagne) : toutes possibilités d'accord sont compromises.

• Les guerres de religion constituent une longue période (trente ans) de troubles, de massacres et d'instabilité. Les accords de paix passés entre les partis sont régulièrement remis en cause. Les protestants veulent avoir le droit d'exercer librement leur religion tandis que les catholiques souhaitent limiter géographiquement leur implantation.

• Entre les deux camps, le pouvoir royal joue un rôle d'arbitre tout en essayant de maintenir son autorité politique. Cette situation est rendue plus complexe encore par l'intervention des pays étrangers. Philippe II d'Espagne fournit des soldats et de l'argent aux catholiques ; Elisabeth I^re d'Angleterre offre son aide aux protestants qui, en échange, lui livrent Le Havre en 1562 ; les princes allemands, enfin, envoient des troupes pour soutenir les protestants.

Par l'édit de Saint-Germain du 8 août 1570, les réformés obtiennent des avantages importants, notamment la possession de quatre villes : La Rochelle, Cognac, La Charité et Montauban. Par ailleurs, l'amiral protestant Gaspard de Coligny, devenu le conseiller de Charles IX, pousse le roi à se montrer favorable à ses coreligionnaires.

• Henri de Navarre (le futur Henri IV), chef des réformés, épouse Marguerite de Valois, la sœur de Charles IX. Jalouse de l'influence de Coligny, la reine mère Catherine de Médicis prend alors le parti des catholiques. Elle décide de faire assassiner Coligny ; il n'est que blessé. Pour se protéger, la reine fait croire à un complot des protestants contre le roi.

• Le 24 août 1572 a lieu le massacre de la Saint-Barthélémy : Coligny et 3 000 protestants sont assassinés par les Parisiens. Dans les jours suivants, de semblables massacres ont lieu en province. Henri de Navarre a la vie sauve en échange de son abjuration ; il est contraint de rester à la Cour de France. Il parvient cependant à s'échapper, rétracte son abjuration et organise la résistance protestante.

À la mort de Charles IX en 1574, son frère Henri III lui succède. Du côté protestant apparaît une Union calviniste qui, en 1576, obtient la paix de Beaulieu, ou paix de Monsieur : elle peut célébrer publiquement le culte dans toute la France (à l'exception de Paris), et occuper huit places de sûreté. En réaction, les catholiques organisent une Ligue dirigée par le duc Henri de Guise, dit le Balafré (à cause d'une blessure qu'il porte au visage). Henri III prend le parti de la Ligue.

En 1584 meurt le duc d'Alençon, dernier frère d'Henri III. Celui-ci n'ayant pas de descendance, le trône devrait revenir au protestant Henri de Navarre : il est l'époux de Marguerite de Valois, fille d'Henri II et de Catherine de Médicis. Les guerres de religion se transforment en guerre civile pour la conquête du pouvoir.

• La Ligue fait pression sur Henri III afin qu'il prenne des mesures contre les protestants qui contrôlent maintenant tout le sud-ouest du royaume, une partie du Centre et du Midi. Le roi accepte ; les guerres reprennent.

• Cependant, la Ligue joint à ses revendications religieuses des ambitions politiques. Le 12 mai 1588, Henri de Guise organise le soulèvement des Parisiens contre Henri III (la journée des Barricades). Dépassé par les événements, le roi s'enfuit à Blois : il doit nommer le duc de Guise lieutenant général du royaume et réunir les états généraux. Le 23 décembre 1588, il fait assassiner son rival, de Guise, ainsi que son frère, le cardinal de Lorraine. Il assiège ensuite Paris, avec l'aide d'Henri de Navarre dont il s'est rapproché. Le roi est tué par un moine ligueur, Jacques Clément, le 1^er août 1589.

• Reconnu officiellement roi de France, Henri IV se heurte à l'hostilité de ses sujets catholiques, et notamment de la Ligue qui fait roi le cardinal de Bourbon, sous le nom de Charles X.

• De 1589 à 1594, Henri IV doit asseoir par les armes son autorité. En 1589 à Arques, l'année suivante à Ivry, il défait les armées de la Ligue commandées par le duc de Mayenne, frère du duc de Guise. En revanche, il échoue à plusieurs reprises devant Paris.

• Après la mort de Charles X, certains partisans de la Ligue envisagent de faire appel à un prince étranger : Philippe II d'Espagne propose la candidature de sa fille (petite-fille d'Henri II), le duc de Savoie et le duc de Lorraine font valoir leurs droits. En 1593, les états généraux de la Ligue refusent que la Couronne de France revienne à un étranger.

• La solution adoptée est la conversion du roi, à Saint-Denis le 25 juillet 1593 (« Paris vaut bien une messe ! »). Henri IV entre triomphalement dans la capitale le 22 mars 1594. Les guerres de religion touchent à leur fin, même si l'édit de Nantes n'est signé que quatre ans plus tard.